Первостепенными задачами НИЦ МКВК являются:

• Координация и увязка совместных работ в регионе;
• Постоянное информирование членов МКВК обо всех изменениях, происходящих в области водного хозяйства в мировом сообществе;
• Усиление юридической базы и улучшение организационных структур;
• Усиление сотрудничества по управлению и использованию водных ресурсов на основе передового опыта в мире;
• Инициирование и координация региональных проектов;
• Организация работы Тренингового центра МКВК.

В соответствии с поставленными задачами подразделения НИЦ МКВК совместно с БВО «Амударья», БВО «Сырдарья» и Секретариатом проводят организационно-техническую работу по подготовке очередных заседаний МКВК. Заседания проводятся ежеквартально, поочередно под председательством представителей соответствующих государств.

К числу основных вопросов, рассматриваемых на заседаниях, относятся: определение единой водохозяйственной политики и разработка ее основных направлений с учетом интересов населения и отраслей государств, рационального использования водных ресурсов и их охраны, программ по увеличению водообеспеченности бассейнов рек и мер по их реализации, утверждение лимитов ежегодного водопотребления для каждого из государств по основным водным источникам, режимов работы крупных водохранилищ, управление водораспределением и его корректировка в условиях фактической водности и складывающейся водохозяйственной обстановки.

МКВК также рассматривает экологические программы, связанные с усыханием Аральского моря и истощением водных источников, установление ежегодных объемов водоподачи в дельты рек и Аральское море, а также санитарных попусков по рекам и каналам.

На заседаниях обсуждают проекты межгосударственных соглашений о совместном использовании водных ресурсов, о правовых основах водопользования, создании единой информационной базы по использованию водных ресурсов, мониторингу орошаемых земель и прилегающих районов, общего гидрометеорологического обеспечения, о координации совместных исследований по научно-техническому обеспечению региональных водохозяйственных проблем и выполнения схемных проработок и др.

НИЦ МКВК с участием представителей стран Центральной Азии подготовлен План развития работ по юридическим межгосударственным Соглашениям и график их реализации. В результате работы согласительных комиссий из представителей государств Центральной Азии подготовлены и представлены на рассмотрение МФСА проекты соглашений:

• «Об укреплении организационной структуры управления, охраны и развития трансграничных водных ресурсов в бассейне Аральского моря»;
• «О формировании и функционировании национальной и бассейновой баз данных комплексного использования и охраны трансграничных водных ресурсов бассейна Аральского моря».
• «Об основных принципах совместного и рационального использования трансграничных вод бассейна реки Сырдарья»;
• «Об охране трансграничных вод, правилах контроля их качества и обеспечение экологической устойчивости в регионе».

Решением 30-го заседания МКВК созданы тематические рабочие группы (юридические и организационные, финансово-экономические, технические и тренинговая деятельность), утвержден регламент и основные направления их деятельности.

Состоялись организационные заседания юридической и технических групп, на которых намечены планы первостепенных задач. Создана и развивается региональная информационная система по управлению водными и земельными ресурсами, ведется ее информационное наполнение, а также развитие соответственно национальных баз данных по водо-земельным ресурсам, окружающей среде с реализацией в интеренете. Создана библиографическая база данных по управлению бассейном Аральского моря. Наряду с научными проработками НИЦ совместно с его филиалами содействует процессам межведомственной кооперации в регионе, активно участвуя в работе межведомственных комиссий, конференций, совещаний по вопросам комплексного управления водными ресурсами бассейнов рек Амударьи и Сырдарьи в интересах гидроэнергетики, ирригации и окружающей среды.

НИЦ МКВК оказывает содействие МФСА в вопросах региональной интеграции усилий различных ведомств и организаций в решении проблем Аральского моря и его бассейна.

НИЦ МКВК совместно с сетью научно-исследовательских и проектных институтов системы Минсельводхозов государств Центральной Азии координирует и осуществляет научно-исследовательские работы по межгосударственной программе МКВК. Эта программа утверждается МКВК каждые два-три года, финансируется Минсельводхозами государств и направлена на научное обоснование основных компонентов политики МКВК в области развития ирригации, водосбережения и бесконфликтного управления и охраны водных ресурсов в бассейне Аральского моря.

На 25-м заседании в Бишкеке в феврале 2000 г. утверждена новая программа научно-исследовательских работ на 2000-2002 гг. «Проблема устойчивого управления водными ресурсами в бассейне Аральского моря на рубеже XXI века», в реализации которой принимают участие научно-исследовательские и проектные институты Центральной Азии. К наиболее важным НИР следует отнести работы, направленные на разработку перспективных направлений стратегий рационального использования земельных и водных ресурсов с позиции устойчивого развития в увязке с Международной программой ООН «Видение XXI», разработку рекомендаций по национальному планирования перспективного использования водных ресурсов, основных положений деятельности Водно-энергетического консорциума, интегрированного управления водными ресурсами, единого программного комплекса математических моделей бассейна и зон планирования с общим интерфейсом, разработки экономико-математических моделей и составление баз данных для выбора зон эффективного использования коллекторно-дренажных зон на орошение в регионе и др.

Результаты научно-исследовательских работ служат обоснованием для совершенствования водохозяйственной практики, а также докладываются на международных семинарах, публикуются в сборниках научных трудов НИЦ МКВК.